Ở vùng Cusco, Quechua chịu ảnh hưởng của những ngôn ngữ địa phương khác như tiếng Aymara. Dạng Cuzco do vậy mang nhiều nét riêng biệt. Tương tự như vậy, những phương ngữ khác nhau xuất hiện, chịu ảnh hưởng của ngôn ngữ địa phương, khi Đế quốc Inca bành trướng và đưa Quechua lên làm ngôn ngữ chính thức.

Sau cuộc xâm lược đế quốc Inca của người Tây Ban Nha vào thế kỷ XVI, Quechua vẫn đóng vai trò "ngôn ngữ chung" đối với các tộc người bản địa. Nó được chính quyền thực dân công nhận và nhiều người Tây Ban Nha còn học nó để giao tiếp với dân bản xứ.[6] Tăng lữ Công giáo chấp nhận Quechua là ngôn ngữ Phúc Âm hóa. Nhờ việc sử dụng trong truyền giáo, Quechua tiếp tục lan rộng ở vài nơi.

Từ cuối thế kỷ XVII, chính quyền thực dân kết liễu vai trò hành chính và tôn giáo của Quechua, chấm dứt vai trò cộng đồng của nó tại Peru, sau khi cuộc nổi dậy của người bản địa do Túpac Amaru II đứng đầu.[3]

Dù có thời kì phục hồi ngắn ngay sau khi các người Mỹ Latinh giành độc lập vào thế kỷ XIX, vai trò ngôn ngữ uy tín của Quechua đã mất đi. Dần dần việc sử dụng nó giảm xuống, chỉ còn ở những tộc người bản địa ở những nơi nông thôn và tương đối hẻo lánh. Tuy vậy, vào thế kỷ XXI, Quechua vẫn là ngôn ngữ của từ 8-10 triệu người dọc mạn tây Nam Mỹ.[3]